Le Premier ministre turc, Recep Tayyip Erdogan, et des membres de son gouvernement ont fait part de leur soutien aux organisateurs de la flottille pour Gaza et leur ont même proposé leur aide en cas de problème. C’est ce qui ressort du procès-verbal d’une réunion qu’ont tenue à Istanbul les dirigeants des six organisations à l’initiative de la flottille, deux semaines avant son départ.
Ce procès verbal, ainsi que d’autres documents qui ont été trouvés sur les ordinateurs portables confisqués par Tsahal à bord des navires, montrent que les préparatifs en vue de la flottille ont été longs et approfondis et ont duré plusieurs mois.
Depuis la flottille, la Turquie a toujours rejeté les accusations d’Israë l selon lesquelles il y aurait eu un lien entre le gouvernement turc et les organisateurs, Ankara soutenant indirectement cette initiative.