Une série de dysfonctionnements inimaginables serait àl’origine de la décision politique et opérationnelle en faveur de la prise d’assaut en pleine mer de la flottille. Cette décision a été prise par le seul ministre de la Défense, Ehud Barak, qui l’a faite approuver a posteriori par le Premier ministre, Binyamin Netanyahu. Elle n’a été précédée par aucun débat formel au cabinet restreint de sécurité ni au « Forum des sept  » ; naturellement, elle n’a été votée par aucune de ces instances. Les ministres qui voulaient savoir ce qui allait se passer et qui ont exigé d’en débattre ont eu droit àla réponse suivante : « Ce sera décidé entre Netanyahu et Barak. Point barre.  »

L’ensemble des sept ministres n’a eu connaissance du plan opérationnel qu’après coup. Certains parmi eux ont découvert les événements àla télévision et ont été, selon leurs propres témoignages, stupéfaits de « voir le niveau d’irresponsabilité et les défaillances tactiques et ce, malgré notre estime pour les soldats qui ont opéré àbord du navire  ».

S’il y a eu des consultations entre des responsables au plus haut rang, elles n’ont porté que sur des questions de principe et ont mené àla décision de ne pas permettre àla flottille de parvenir àGaza, afin de ne pas violer le blocus maritime, ce qui aurait pu mener àla reprise de la circulation maritime vers Gaza, y compris en provenance de pays hostiles.

La décision définitive a été prise par Ehud Barak, et les ministres du gouvernement comme les membres du cabinet ou du Forum des sept sont aujourd’hui en colère contre lui. Plusieurs ministres exigent de Barak de tirer des conclusions personnelles et de donner sa démission dans les plus brefs délais. « Nous avons joué le jeu d’un monde hostile, hypocrite, et tout ça nous est arrivé àcause de la défaillance opérationnelle incroyable d’un ministre de la Défense irresponsable, maladroit, ivre de son pouvoir  ». Plusieurs ministres de haut rang ont également adressé de vives critiques au Premier ministre Netanyahu qui, selon eux, aurait laissé àEhud Barak la gestion de cette opération sans les avoir consultés auparavant.