Mort des suites d’une déficience cardiaque, le 3 juillet 1904 à Edlach dans l’actuelle Autriche, Herzl avait demandé à être enterré en Palestine quand le peuple juif y aurait fondé un État indépendant.
Le 17 août 1949, le corps de Théodore Herzl ainsi que celui de ses parents, Yaakov et Jeannette, et sa sœur Pauline sont inhumés au Mont Herzl. En septembre 2006, les dépouilles de ses enfants Hans et Pauline y ont été transférés depuis Bordeaux. Sa fille cadette, Trude Norman, est morte dans le camp de concentration de Theresienstadt. Ses restes n’ont jamais été retrouvés.