Le déclenchement de la seconde Intifada ouvre un nouveau cycle de violence. Après l’échec des négociations de Charm el-Cheikh, les pourparlers de Taba entre Barak et Arafat avortent début 2001.

Ehud Barak perd les élections et en février, Ariel Sharon prend la tête du gouvernement. Les Israéliens répriment les émeutes : l’armée attaque les combattants palestiniens avec des moyens lourds (aviation, blindés) qui occasionnent de nombreuses victimes. Des attentats àla voiture piégée et des attentats suicides répétés, revendiqués par le Hamas et d’autres organisations armées - dont les Brigades des Martyrs d’Al-Aqsa dans la mouvance du Fatah de Yasser Arafat - frappent durement la population civile israélienne. Plusieurs colonies israéliennes sont créées, suscitant de nouvelles tensions. Des « liquidations ciblées » de chefs politiques palestiniens ont lieu, suivies de l’assassinat du ministre israélien d’extrême droite, Rehavam Zeevi. En décembre, une vague d’attentats ensanglante Afoula, Haïfa et Jérusalem.

Au cours du mois de février 2002, les installations de l’Autorité palestinienne, décrétée « entité soutenant le terrorisme » par le gouvernement israélien, sont pilonnées et détruites.

Les attentats sont plus meurtriers, ainsi que les opérations de l’armée israélienne. Cette dernière mène les plus grandes opérations militaires en Cisjordanie depuis la guerre de 1967.

En avril, de violents combats ont lieu dans les rues de Jénine : ils se soldent par la mort de
54 Palestiniens et de 23 Israéliens. ,

En juin, le gouvernement d’Ariel Sharon lance la construction d’une " barrière de séparation en suivant plus ou moins la ligne verte, une limite entre la Cisjordanie et les territoires israéliens. Cette séparation a officiellement pour but d’empêcher l’entrée de terroristes sur le sol d’Israë l.

Au cours du mois de juin, six des sept villes autonomes de Cisjordanie sont réoccupées par Israë l. Yasser Arafat est encerclé par l’armée israélienne et assigné àrésidence dans son QG àRamallah. Il faut attendre le mois de décembre pour qu’une nouvelle initiative diplomatique soit adoptée par le « quartet » (Etats-Unis, Russie, Union européenne et Nations unies) : la feuille de route ".

En 2003, la pression terroriste ne faiblit pas. En février, le numéro 2 de l’OLP, Mahmoud Abbas est investi Premier ministre de l’Autorité palestinienne juste avant que celle-ci approuve la « feuille de route ». Israë l la ratifie avec réserve au mois de mai. Abbas, en conflit avec Arafat, démissionne en septembre. Au cours de l’été, les attentats n’ont pas cessé et le Hamas annonce la fin de la trêve. Ahmed Qorei succède àAbbas tandis que les Israéliens exigent le départ de Yasser Arafat. En novembre, une initiative de paix menée par les politiques israéliens et palestinien Yossi Beilin et Yasser Abed Rabbo se concrétise àGenève. Cet accord non officiel sonne comme un espoir de paix, alors que les négociations diplomatiques entre Israë l et l’Autorité palestinienne sont très difficiles.